این فیلم داستان خانواده ای را روایت می کند که قصد دارند دخترشان به فینال مسابقات ملکه ی زیبایی راه پیدا کند. آن ها برای این کار سفری را آغاز می کنند اما نمی دانند که چه چیزی در انتظارشان است...

باب اسفنجی شلوار مکعبی به همراه بهترین رفیقش پاتریک، شهر بیکنی باتم را ترک می کند تا به دنبال تاج گمشده شاه نپتون بگردد و آن را به شهر باز گرداند...

هنگامی که حیوان خانگی مورد علاقه ی باب اسفنجی، گری حلزون، گروگان گرفته می شود، باب اسفنجی و دوست همیشگی اش پاتریک به شهر گم شده ی آتلانتیک سیتی می روند تا گری را به خانه باز گردانند.

انیماتریکس، حاصل همکاری سه ساله بین برادران واچوفسکی (خالقین فیلم ماتریکس) و هنرمندان انیمیشن ژاپنی، کره ای و امریکایی می باشد. انیماتریکس در واقع مجموعه ۹ فیلم کوتاه می باشد که به شیوه انیمیشن ساخته شده اند و همه آنها، ارتباط تنگاتنگی با دنیای ماتریکس دارند...